Највпечатливи одлики на фауната во Националниот парк Пелистер се нејзината разновидност и хетерогеност, како и присуството на голем број реликтни и ендемични видови. Ендемичните видови се главно регистрирани кај без’рбетните групи на организми.
Копнената (Терестичната) без’рбетна фауна на Пелистер покажува присуство на вкупно 288 таксони, кои припаѓаат на вкупно 10 групи без’рбетници.
Од без’рбетните организми, во малото глацијално езеро “Мало Езеро” се среќава една раскошна популација од вилинското ракче Chirocephalus diaphanus carinatus, кое претставува балкански реликтно-ендемичен таксон. Исклучиво во големото глацијално езеро “Големо Езеро” живее амфиподното ракче Niphragus pancici peristericus, пелистерски ендемит, досега регистриран само во ова езеро.
Само во водите на овие две глацијални езера, се среќава харпактикоидното ракче Arcticocampus macedonicus, пелистерски ендемичен вид.
Во изворишните води на НП Пелистер, на надморска височина меѓу 1600 и 2200 м живеат два пелистерски реликтно-ендемични видови на остракоди: (Iliodromus peristericus и Eucypris diebeli).
Во планинските потоци и реки на Националниот парк исто така се присутни реликтно-ендемични фаунистички елементи. Од Магаревска Река е опишана Mакедонската ендемична плекоптера Nemoura peristeri.
Кај ‘рбетниците на Пелистер, покрај 2 видови на риба, констатирано е присуство на 12 видови водоземци, 16 вида влекачи, или 50% од диверзитетот на влекачи во РС Македонија, 116 видови птици, од кои 5 се исчезнати и 47 видови на цицачи. Четири таксони од цицачите, за прв пат се опишани од локалитети во рамките на Националниот парк: Балкански слеп крт (Talpa caeca beaucournii), типичен жител на моликовите шуми. Балкански крт (Talpa stankovici), опишан врз основа на примероци собрани од планинските ливади во Националниот парк. Македонска лисеста полјанка (Clethrionomys glareolus makedonicus), за прв пат регистрирана и опишана од листопадните и мешани шуми на Пелистер, исто така претставува македонски ендемит.